在任何一个公司中，员工的工资是公司与员工之间的一种契约关系。公司必须遵守法律规定的最低工资标准，同时也必须按照员工与公司之间的协议支付工资。有时候公司可能会扣除员工的工资，这种情况下该怎么处理呢？

必须明确的是，公司扣除员工的工资是不合法的。根据劳动法规定，公司必须向员工支付合法的工资，而且必须按照协议支付。如果公司扣除员工的工资，那么就是违反了劳动法规定，员工有权利要求公司支付被扣除的工资。

如果公司扣除员工的工资，员工应该首先与公司沟通，要求公司解释扣除工资的原因。如果公司没有合理的解释，那么员工可以通过法律途径来维护自己的权益。员工可以向劳动仲裁委员会或法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资。

另外，员工还可以通过其他方式来维护自己的权益。例如，员工可以向工会投诉，要求工会代表自己与公司协商解决问题。如果员工没有加入工会，那么可以通过其他组织或社会团体来寻求帮助。

在处理公司扣除员工工资的问题时，员工需要注意以下几点：

1.保留证据。员工需要保留所有与工资扣除有关的证据，包括公司通知、工资单和银行转账记录等。这些证据将有助于员工在维权过程中证明自己的权益。

2.合理维权。员工在维权过程中需要遵守法律规定，不能采取过激的行动。员工可以通过法律途径来维护自己的权益，但是不应该采取暴力或恶意破坏等行为。

3.寻求帮助。员工可以寻求律师或法律援助机构的帮助，以便更好地维护自己的权益。在选择律师或法律援助机构时，员工需要注意选择信誉良好、专业水平高的机构或律师。

公司扣除员工的工资是不合法的行为，员工有权利要求公司支付被扣除的工资。在维权过程中，员工需要遵守法律规定，合理维权，并寻求帮助。只有这样，员工才能更好地维护自己的权益。